برخلاف سلول های رویشی باکتریایی که با روش های معمول قابل رنگ آمیزی می باشند، اسپور آن ها به دلیل داشتن لایه های نفوذ ناپذیر به راحتی رنگ اولیه را نمی پذیرد. بنابراین به منظور افزایش قدرت نفوذ رنگ از حرارت استفاده می شود. پس از رنگ آمیزی گسترش با رنگ اولیه همراه با حرارت اشکال رویشی و اسپور باکتری ها هر دو سبز رنگ خواهند شد. عامل بی رنگ کننده در این رنگ آمیزی آب می باشد. زمانی که اسپور رنگ مالاشیت گرین را به خود می گیرد تحت تاثیر شستشو با آب آن را از دست نخواهد داد در حالیکه اجزا سلول رویشی پیوند بسیار ضعیفی با این رنگ بر قرار می کنند و به همین دلیل در اثر شستشو با آب سلول های رویشی رنگ سبز خود را از دست داده و بی رنگ می شوند. رنگ مخاف برای مشاهده هر چه بهتر گسترش اسپور مورد استفاده قرار می گیرد. در این رنگ آمیزی رنگ قرمز سافرانین به عنوان رنگ مخالف به کار می رود. سلول های رویشی که در مرحله رنگ بری رنگ خود را ازدست داده اند، رنگ مخالف را پذیرفته و قرمز رنگ می شوند و اسپورها همچنان به رنگ سبز باقی می مانند.